Pulau Baun sebagian besar daerahnya memiliki topografi yang datar dan di tengah pulau bergelombang dengan ketinggian 0-50 meter dari permukaan laut. Terdapat sungai, juga mata air dan kubangan-kubangan untuk tempat minum satwa liar.

Kawasan Suaka Margasatwa Pulau Baun mempunya potensi atau prioritas tinggi untuk upaya konservasi jenis flora dan fauna, khususnya satwa liar yang dilindungi :

• Berjenis-jenis satwa liar yang dilindungi diantaranya : Burung Cendrawasih Kuning Kecil (Paradisaea minor), Nuri Kepala Hitam (Lorius domichella), Kanguru Pohon (Dendrolagus sp.), Kakatua Raja (Probosciger atterimus), Kakatua Jambul Kuning (Cacatua galerita) dan Kupu-kupu Raja (Ornithoptera goliath).
• Sedangkan jenis vegetasi di kawasan ini didominasi oleh vegetasi hutan hujan dataran rendah.

Beberapa kegiatan yang saat ini dilakukan dalam rangka pengelolaan dan pemanfaatan Suaka Margasatwa Pulau Baun, antara lain :

• Untuk penelitian lapangan baik flora maupun fauna khususnya satwa liar endemik Maluku Tenggara.
• Untuk rekreasi alam, terutama menikmati fenomena alam yang indah dan unik, berkemah dan lain-lain.

Untuk mencapai kawasan Suaka Margasatwa Pulau Baun, dapat ditempuh dengan cara:

• Dari Ambon ke Tual dengan menggunakan pesawat terbang dengan waktu tempuh sekitar 1,5 jam, atau dengan menggunakan kapal laut dengan waktu tempuh sekitar 20 jam, dan seterusnya dari Tual ke Dobo dengan menggunakan kapal laut dengan waktu tempuh sekitar 24 jam.
• Dari Ambon langsung ke Dobo dengan menggunakan pesawat terbang (dua kali seminggu, yaitu Minggu dan Selasa) dengan waktu tempuh sekitar 3,5 jam.
• Selanjutnya dari Dobo ke Pulau Baun dengan menggunakan motor laut dengan waktu tempuh sekitar 10 sampai 12 jam.